freee会計上でデータを削除してしまった場合は、[過去に記帳された内容でも強制的に記帳する]という機能を使って、再記帳することができます。
詳しくは、下記マニュアルの手順4をご覧ください。
freee会計と手動で連携する
https://freee.groovymedia.jp/help/setting/free-connection/manual-connection/
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